La historia de este pueblo, como tal, puede remontarse al Paleolítico Superior, época de la que se conservan los grabados "Laja de los Hierros" y existen algunas tumbas antropomórficas cercanas a los valles de los ríos o a los arroyos. No obstante, la primera población estable se dio en la actual Mesa del Esparragal (carretera Alcalá - San José del Valle),de la cual se conservan una torre vigía del periodo visigodo y algunas reliquias de los Santos Mártires Servando, Germán, Saturnino, Justa y Rufina (conservadas en la iglesia parroquial de San Jorge) procedentes de la desaparecida "Ermita de los Santos Nuevos" que se ubicaba en esta ciudad. En este lugar se halló el Bronce de Lascuta (189 a.C. - Primera inscripción romana de España) actualmente expuesta en el museo del Louvre de Paris.
En esta época se ubicó un pequeño campamento en el terreno actual de la urbe llamado Regina . Su localización se debe a que se sitúa en una pequeña colina rodeada por el valle de un río, por tanto posee una posición estratégica casi infalible. De este asentamiento se conservan las ruinas de un puente y la Fuente de la Salada .
En el 711 d.C. fue conquistada por los musulmanes, entonces pasaría a llamarse Qalat at Yazula (Fortaleza de los Gazules). Esta fue la primera familia árabe que reinó en este territorio. El municipio fue musulmán hasta 1264, ya que fue reconquistada por el ejército de Alfonso X. Todavía se conservan algunos vestigios de la época árabe como el castillo, torres albarranas, murallas, etc. En este momento el pueblo recibió el nombre de Al-calat de los Gazúes.
Pronto pasaría a depender del Señorío de los Ribera (Duques de Alcalá) los cuales construyeron numerosos conventos e iglesias.
La época contemporánea se abre para Alcalá con la invasión de los franceses en 1811. En su marcha, el ejército Franco-Europeo voló el puente romano y el castillo.
En junio de 1876, Alfonso XII le concede el título de ciudad en consideración a su progreso en población teniendo en cuenta que, desde finales del siglo XVI, la población rondaba los 10.000.
Durante el siglo XIX y principios del XX, la ciudad se enriquece gracias al carbón, la agricultura y otros recursos naturales. Se ennoblecen la Calle Real y Plaza de la Alameda además de proliferar grandes cortijos, llegando a superar los 14.000 habitantes. Siempre teniendo en cuenta que, desde el siglo XVIII, más de 200 familias dependían de los recursos que les proporcionaba la sierra y, por tanto, vivían allí. Un prueba de este aprovechamiento del entorno son los molinos repartidos en el entorno de Patrite.
Entre la guerra civil y los años 50, y como consecuencia de la crisis en el sector carbonero y harinero a causa de la aparición y utilización del gas y la modernización industrial, se produce una gran recesión económica y un éxodo rural. En los años 60, Alcalá contaba con algo menos de 5.000 habitantes. Pero su economía comenzó a mejorar a partir de los 70 con la creación de varias fábricas.
En 1984 se declaró el casco antiguo Conjunto Histórico-Artístico por poseer espléndidos edificios barrocos, neoclásicos, etc. y haber sabido conservar su estampa y fisonomía andaluza.
Hoy por hoy, la población parece tener un cierto progreso económico gracias a la apertura de pequeñas fábricas y la construcción de la autovía.
Actualmente la población ronda los 6.000 habitantes.